Jenjang pendidikan dimulai dari Unit Khalifah Usman Bin Affan (Sederajat SD) dengan durasi pendidikan selama 3 tahun. Unit Khalifah Umar Bin Khathab (Sederajat SMP) dengan durasi pendidikan selama 2 tahun. Unit Khalifah Abu Bakar Ash-Shiddiq (Sederajat SMA) dengan durasi pendidikan selama 2 tahun. Al-Jaamia’ah Khalifah Ali Bin Abi Thalib (Sederajat Perguruan Tinggi) dengan durasi pendidikan selama 2 tahun.
Seluruh aset pondok pesantren ini kini sepenuhnya dimiliki Jamaah Khilafatul Muslimin. Sebab, sejak pendirinya yang memiliki nama lengkap Muhammad Majlis Ibnu Roji’un meninggal dunia pada 10 April 2010 aset aset pesantren diwasiatkan atau diserahkan kepada ormas Khilafatul Muslimin.
Dari jumlah santri, mulanya tercatat hanya 14 orang, terdiri dari 7 putra dan 7 putri, kemudian terus berkembang hingga 50 santri pada 1992. Jumlah santrinya lalu terus bertambah hingga mampu tembus diangka 206 orang pada 1995. Setelah itu, angka kisaran tersebut pun bertahan hingga saat kini jumlah santrinya berada di angka kisaran 250 orang.
Pengasuh utama Pondok Pesantren Ukhuwwah Islamiyyah Bekasi kini dijabat oleh Muhammad Firdaus. Pengasuh utama disebut sebagai Murobbi. Sementara itu, bendahara pesantren tercatat dijabat oleh Sujarwoko. “Kami memiliki sekitar 250 santri yang berasal dari berbagai daerah. Meski fasilitas sederhana, semua siswa tidak dipungut biaya,” kata Firdaus dikutip dari Majalah Tempo edisi 11 Juni 2022.
Pesantren ini digratiskan bagi para santrinya, tapi dijamin makan 3 kali sehari, mendapat fasilitas kesehatan, serta tempat tinggal. Adapun sumber dana pesantren berasal dari iuran Rp2.000 oleh jamaah Khilafatul Muslimin setiap bulannya, para wali santri yang bersedia zakat infaq dan shodaqoh, serta para donatur dan simpatisan dengan tidak terikat dengan syarat apapun.
Sejak berdiri, legalitas pesantren Ukhuwwah Islamiyah yang didaftarkan ke pemerintah berubah-ubah. Adapun legalitas itu baru berbentuk badan, belum sampai ke operasional. Legalitas ini, kini akan diperbaiki berdasarkan arahan dari pemerintah daerah setempat. "Pemerintah akan membantu melegalkan lebih sempurna legalitas di pondok kami," kata Abu Salma.
Selanjutnya, Khilafatul Muslimin punya 25 pesantren di seluruh Indonesia
