Kementerian Agama juga menilai keberadaan lembaga pendidikan Khilafatul Muslimin bertentangan dengan Peraturan Menteri Agama Nomor 30 Tahun 2020 tentang Pendirian dan Penyelenggaraan Pesantren. "Oleh karena itu, kami harapkan dengan sangat terminologi pondok pesantren tidak digunakan," kata Kepala Bidang Pengembangan Teknologi dan Pembelajaran Ahli Muda Kementerian Agama, Ahmad Rusdi.
Direktur Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren Kementerian Agama, Waryono Abdul Ghofur, sebelumnya juga telah menyebutkan, berdasarkan hasil pengawasan Kanwil Kemenag Lampung, Khilafatul Muslimin bukan satuan pendidikan, melainkan sebatas ormas. Karena itu, pesantren-pesantren yang dinaungi mereka tidak terdaftar di Kementerian Agama.
Jika ada indikasi Khilafatul Muslimin turut mengelola satuan pendidikan, dipastikannya sampai saat ini tidak ada pengajuan izin operasionalnya, baik di tingkat Kanwil kemenag Kabupaten/Kota, Kanwil Kemenag Provinsi, maupun Pusat. "Pesantren Khilafatul Muslimin tidak terdaftar di Kemenag dan tidak memiliki Nomor Statistik Pesantren atau Lembaga Keagamaan Islam,” kata Waryono melalui siaran pers, Selasa 14 Juni 2022.
Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi juga tidak pernah mendata adanya sekolah atau lembaga pendidikan yang dikelola atas nama Khilafatul Muslimin. Auditor Utama Inspektorat Jenderal Kemendikbud Ristek Candra Irawan mengatakan, lembaga pendidikan tersebut tidak tercantum dalam Data Pokok Pendidikan (Dapodik) ataupun data lembaga pendidikan yang berhak menerima dana bantuan operasional sekolah.
Candra mengatakan, Kemendikbud Ristek pada dasarnya juga telah melakukan pengawasan secara langsung dengan cara terjun ke lapangan untuk mengecek sekolah-sekolah yang terdaftar di Dapodik. Namun, lagi-lagi lembaga pendidikan milik Khilafatul Muslimin tidak terlihat. "Selama ini kami di jajaran Kemendikbudristek belum pernah mendengar tentang penyelenggaraan sekolah ini," kata Candra.
Di samping tak terdaftar, jenjang pendidikan dan kurikulum yang diterapkan juga bertentangan dengan peraturan perundang-undangan. Karena itu Kemendikbudristek mendukung Polda Metro Jaya menangani ormas Khilafatul Muslimin, termasuk lembaga pendidikannya. Namun, Candra berujar, Kemendikbudristek akan menentukan langkah setelah Polda Metro Jaya menuntaskan proses penyidikkan terhadap ormas ini.
Selanjutnya, pesantren eks Khilafatul Muslimin tetap bisa beroperasi lagi
