Puncaknya pada 27 Juni, penambahan kasus harian mencapai lebih dari 21 ribu. Angka ini adalah yang tertinggi sejak virus corona pertama kali menginfeksi Indonesia pada Maret 2020. Melalui rapat tersebut, Jokowi menunjuk Menteri Koordinator Bidang Kemaritiman dan Investasi Luhut Binsar Pandjaitan sebagai Koordinator PPKM Darurat Jawa-Bali. Sedangkan PPKM Darurat di luar wilayah Jawa dan Bali akan dipimpin Menteri Koordinator Bidang Perekonomian Airlangga Hararto.
Dalam paparan Kemenko Maritim dan Investasi kepada Jokowi, 30 Juni 2021, Luhut mengusulkan skema pembatasan ketat bagi wilayah Jawa-Bali mulai 3 Juli sampai 20 Juli 2021. Usulan itu meliputi 100 persen kegiatan bekerja untuk sektor non-esensial dilakukan dari rumah. Bagi sektor esensial, kapasitas pegawai bekerja dari kantor dibatasi maksimal 50 persen.
Kegiatan di pusat perbelanjaan, mal, dan perdagangan pun akan ditutup. Selanjutnya, restoran dan tempat makan hanya menerima pesan antar atau pesan dibawa pulang. Tempat ibadah juga akan ditutup selama PPKM darurat berlangsung.
Di sektor transportasi, penumpang perjalanan jarak jauh wajib membawa kartu vaksin Covid-19 minimal dosis pertama. Selain kartu vaksin, penumpang khususnya moda transportasi pesawat, diharuskan mengantongi hasil tes swab PCR dengan batas waktu H-2. Sedangkan penumpang untuk moda transportasi jarak jauh lainnya bisa menunjukkan dokumen tes Antigen dengan batas waktu H-1.
Aturan pengetatan perjalanan penumpang berlaku untuk moda transportasi udara, laut, dan darat. Kapasitas penumpang transportasi umum dan kendaraan sewa juga akan diatur maksimal 70 persen.
Pengetatan kegiatan masyarakat turut mendorong PT Kereta Api Indonesia (Persero) menangguhkan peluncuran Kereta Api Nusa Tembini rute Cilacap-Yogyakarta. "Kami memohon maaf kepada masyarakat yang telah menantikan kehadiran KA Nusa Tembini ini. Kami akan segera mengumumkannya kembali ke masyarakat terkait peluncuran KA Nusa Tembini jika kondisi sudah mulai membaik," ujar Vice President Public Relations KAI Joni Martinus.
Kereta Api Nusa Tembini rencananya dirilis pada 2 Juli 2021. Kereta ini memiliki jadwal perjalanan delapan kali selama sepekan dengan frekuensi satu kali dari Cilacap dan satu kali dari Yogyakarta.
Joni mengatakan, penundaan ini juga bertujuan untuk mendukung program pemerintah menekan penyebaran Covid-19. KAI akan mengembalikan uang pembelian tiket sebesar 100 persen bagi para calon penumbang.