Dalam penangkalan dan pemulihan, misalnya, Komisi Hukum menyatakan kewenangan ada pada Badan Nasional Penanggulangan Terorisme (BNPT). TNI perlu berkoordinasi dengan BNPT dalam melakukan penindakan, serta perlu ada batasan jelas ihwal ancaman terorisme yang memerlukan pola pendekatan militer atau sudah di luar kemampuan Kepolisian.
Pasal 5 rancangan perpres tentang pengaturan kegiatan dan/atau operasi penangkalan juga disorot lantaran dinilai tak sesuai dengan Pasal 7 ayat (3) dan Pasal 17 ayat (2) UU TNI. Pasal 5 ini menyebutkan bahwa ketentuan lebih lanjut mengenai kegiatan dan/atau operasi penangkalan ditetapkan oleh Panglima TNI. "Seharusnya mendapat perintah dari Presiden dan mendapat persetujuan dari DPR," tulis Komisi Hukum.
Komisi Hukum menegaskan penindakan aksi terorisme merupakan perintah Presiden dan mendapat persetujuan DPR. Adapun dalam Pasal 8-10, rancangan perpres TNI tangani teroris hanya menyebutkan bahwa penindakan aksi terorisme dilaksanakan oleh Panglima berdasarkan perintah Presiden.
Kendati tak sebanyak Komisi Hukum, Komisi Pertahanan atau Komisi I DPR juga memberikan catatan. Anggota Komisi Pertahanan Syaifullah Tamliha mengatakan pembiayaan kegiatan TNI dalam penanganan terorisme harus bersumber dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN).
Menurut dia, Komisi I menolak sumber pembiayaan itu dari APBD atau sumber-sumber lain yang tidak mengikat seperti yang tertulis dalam rancangan perpres. "Kami perlu mewanti-wanti jangan sampai nanti prajurit TNI liar mencari pendanaan untuk berpartisipasi membantu Polri memberantas terorisme," kata Tamliha kepada Tempo, Senin, 30 November 2020.
Komisi I mengusulkan pembentukan tim pengawas penanggulangan terorisme oleh DPR. Hal ini merujuk pada Pasal 43J UU Nomor 5 Tahun 2018 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Terorisme. Menurut Tamliha, tim pengawas bertugas memastikan agar keterlibatan TNI dalam pemberantasan terorisme tidak terlalu dalam.
"Seperti BIN (Badan Intelijen Negara) juga punya dewan pengawas, sehingga kegiatan operasi militer selain perang itu bisa dalam koridor yang benar," ujar dia.
